Mascot ニューズレター12月号

まもなく年末年始休暇、仕事のことはしばし忘れるのが吉というもの、Mascot Newsletter もプロテオミックスの話題から離れて、弊社が本社を構えるロンドンは Baker Street の歴史をご紹介します。

Mascot を利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascot ニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Mascot Distiller の Free Project Viewer 機能を使って Mascot 検索結果や定量解析結果を共同研究関係者と共有する方法について説明しています。

Mascot ニューズレターのバックナンバーは次のページからご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

Baker Street

Baker Street はシャーロック・ホームズ、第二次大戦中に活動していた秘密警察、ビートルズなどなど、興味が尽きない文化的・歴史的な出来事に関わってきました。

弊社が Baker Street 64番地に定住する前の Baker Street についてほんの少しご紹介しましょう。残念ながらプロテオミクスの話題はありませんの悪しからずご了承くださいませ。

Mascot を利用した論文の紹介

Mascot ニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。.

Protein Methionine Sulfoxide Dynamics in Arabidopsis thaliana under Oxidative Stress

Silke Jacques, Bart Ghesquiere, Pieter-Jan De Bock, Hans Demol, Khadija Wahn, Patrick Willems, Joris Messens, Frank Van Breusegem and Kris Gevaert

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 1217-1229

This work investigates methionine oxidation, which is a reversible post-translational modification and a mechanism by which proteins perceive oxidative stress. COFRADIC technology was used to specifically isolate peptides carrying in vivo oxidized methionine.

Arabidopsis catalase 2 knock-out and wild type plants were oxidized by increased concentrations of hydrogen peroxide. The proteins were extracted, desalted, and digested. The peptides were then fractionated and labelled. Those originating from cat-2 knockout were ¹²C₃ propionated, whereas the wild type was ¹³C₃ propionated. LC/MS/MS analysis and database searching resulted in the identification of 513 oxidation sites in 403 proteins.

Quantification of methionine oxidation using Mascot Distiller revealed 55 MetOx peptides in 51 proteins that were significantly more oxidized in the catalase knock-out. The data have been uploaded into the PRIDE database, project accession number PXD001286.

今月の小技

Mascot Distiller には Free Project Viewer の機能があります。ライセンスは必要ありません。Windows PC にインストールするだけで使用できます。

Mascot Distiller で処理された内容（ピーク抽出結果、Mascot 検索結果、定量解析結果）はプロジェクトファイル（*.rov）として保存することができます。このプロジェクトファイルと質量データファイルを共同研究関係者に渡してください。Mascot Distiller のインストーラも一緒に渡すと手間が省けるかも知れません。

共同研究者は Mascot Distiller を Windows PCにインストールし、「File」→「Open Project…」からこのプロジェクトファイルを読み込んでください。Mascot Distiller で処理された内容がそのまま表示され、ブラウズすることができます。Mascot Server にアクセスする必要はありません。Mascot Distiller 上で質量スペクトルと Mascot の検索結果であるアミノ酸配列を重ね合わせることができますので、Mascot Server にアクセスできなくてもオフラインで、たとえば翻訳後修飾の状況を確認することができます。お試しください。

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