英語のWeb版はここをクリックしてください   日本語のWeb版はここをクリックしてください

newsletter banner

2017年5月号

米国インディアナポリスで行われるASMSカンファレンスの会場(Room 137/138)にて、6/5(月)と6/6(火)に「 Mascotユーザ朝食ミーティング 2017」を開催しますのでご参加ください。

検索結果はピークリストによって決まります。ピークリストを構成する情報についてまとめました。

Mascotを利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技は、複数の検索結果を束ねて表示する方法についてご説明します

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

 

May 2017

Mascotユーザ朝食ミーティング2017
ピークリストのすべて
Mascot を利用した論文の紹介
今月の小技
 

Mascotユーザ朝食ミーティング 2017 at インディアナポリス

第65回米国質量分析学会(ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)に合わせ、6/5(月)と6/6(火)に「Mascotユーザ朝食ミーティング 2017 at インディアナポリス」を開催いたします。開催場所はASMSカンファレンス会場となるコンベンションセンター内の会議室(Room 137/138)です。今回は、Mascotユーザーによる事例紹介の他、弊社製品の効率的かつ効果的な利用方法や新規サポート機能などをご紹介いたします。弊社のプログラム開発技術者も参加いたしますので、直接の情報交換の場としてもお役立ていただければ幸いです。

6月5日(月)7:00〜8:00

The Future of Peptide Identification by Spectrum Library Searching presented by Stephen E. Stein, NIST

Integration of spectral library searching into Mascot Server presented by Matrix Science

6月6日(火)7:00〜8:00

The Characterization of Therapeutic Proteins by Top-down and Bottom-up Approaches presented by Paul W. Brown, Pfizer Worldwide Research and Development

New features in Mascot Server 2.6 presented by Matrix Science

参加ご希望の方は こちら からご登録ください(参加費は無料です)。開催日が近づきましたら改めてご案内メールを差し上げます。朝食がてらお立ち寄りくださいませ。

Indianapolis

ピークリストのすべて

データベース検索ではピークリストを構成する様々な情報を利用してペプチドやタンパク質を同定します。ピークリストに含まれる情報は、検索結果に大きく影響する項目もありますし、現段階ではまったく使われていない項目もあります。

  • プロダクトイオンの電荷情報 は検索には必要ありません。また、もしこの情報が存在したとしても使用しません。Mascotは「Instrument」の定義に従ってプロダクトイオンの電荷を1価または2価と仮定して検索します。
     
  • プリカーサイオンに複数の電荷 が設定されている場合があります。これはピーク抽出ソフトウエアがプリカーサイオンの電荷を決定できないために「1+, 2+ and 3+」のように複数の電荷を出力する場合に起こりますが、Mascotは全ての電荷に対して検索し、もっともスコアの高い結果を表示します。
     
  • 短いペプチド はグローバル設定値である「MinPepLenInSearch」によって検索から除外され、「MinPepLenInPepSummary」によって検索結果表示から除外されます。
     
  • 信頼できるモノアイソトピック質量を抽出する ためにはプロファイルの質量データが必要です。Mascot Serverにはピーク抽出処理機能がありませんので、Mascot Distiller のようなプログラムを使ってピークリストを作成することが必要です。

次の ブログ をお読みいただきますと「ピークリストのすべて」が完結いたします。

Peak lists in Comic Sans will be rejected

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

 

GC/MS and proteomics to unravel the painting history of the lost Giant Buddhas of Bamiyan (Afghanistan)

Anna Lluveras-Tenorio, Roberto Vinciguerra, Eugenio Galano, Catharina Blaensdorf, Erwin Emmerling, Maria Perla Colombini, Leila Birolo, Ilaria Bonaduce

PLoS ONE 12(4): e0172990, April 5, 2017

The Giant Buddhas of the Bamiyan valley in Afghanistan dated from about 600AD and were the two largest clay statues in the world, until they were destroyed by the Taliban in 2001. They were fundamental pieces of art history not only because of their colossal dimensions, but also because of their influences in ancient Central Asia, being located in a valley that was connected to the Silk Road.

In this study the authors sought to understand the composition of the paint that once covered the statues by analyzing a number of clay fragments collected at the site. They fractionated the paint with three extractions and hydrolyses, giving saccharide, amino acid, and lipid/wax samples for GC/MS analysis. For protein analysis they used strong denaturing conditions followed by digestion and LC/MS/MS to identify the component proteins.

Lipids and waxes were not detected in any of the samples, while saccharides in a few, and proteinaceous matter in all the fragments. The proteomics analysis revealed that milk proteins were present and the authors were even able to conclude that cow and goat milk were the major paint binders.

Thumbnail from featured publication

今月の小技

Mascot 2.4 以降では、複数の検索結果を束ねてひとつの検索結果ページとして表示することができます。ただし、検索条件と配列データベースが同じであることが条件になります。Maccot Daemonにおいて、複数の質量データに対して逐一検索を実行するタスクと、複数の質量データを「Merge MS/MS files into single search」するタスクをイメージするとわかりやすいかもしれません。

Webブラウザ上で次に示すURLを入力して操作を進めてください。なお、URL中の「your-server」はお客様のMascot PCのホスト名に置き換えてください。

1. 検索結果を束ねる「fileset」の作成:

http://your-server/mascot/ cgi/client.pl?fileset_create

このURLを実行するとユニークな名称の「fileset」が作成され、ブラウザ上に「fileset_2817400073158533」のように表示されます。

2. 作成した「fileset」に検索結果ファイルをひとつずつ追加する:

http://your-server/mascot/ cgi/client.pl?fileset_append; fileset_id=fileset_2817400073158533; file=../data/20150616/F001939.dat

追加した検索結果ファイルを確認するには次のURLを実行してください。

http://your-server/mascot/ cgi/client.pl?fileset_list; fileset_id=fileset_2817400073158533

3.「fileset」の表示:

http://your-server/mascot/ cgi/master_results_2.pl? fileset=fileset_2817400073158533

右図の例では、F003460.datからF003469.datの10個の検索結果ファイルを束ねて表示しています。

merged result report

お問い合せ

マトリックスサイエンス株式会社

〒110-0015 東京都台東区東上野1-6-10 ARTビル1F

info-jp@matrixscience.com

電話:03-5807-7895

ファクシミリ:03-5807-7896

 

Matrix Science logo

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com
 

View in a web browser Forward to a colleague Unsubscribe