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2017年6月号

ASMSカンファレンスに合わせて開催した「Mascotユーザ朝食ミーティング2017」で使用した プレゼンテーション資料 をアップしました。ご参考になれば幸いです。

Mascot Server 2.6.1をリリースしました。Service Packを使って2.6.0からバージョンアップすることができます。

Mascot検索結果を出力するユーティリティプログラムを最大限に利用するためのヒントをまとめました。

Mascot を利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技は、古い検索結果やcacheファイルを処理してPCのディスクスペースを節約するための自動整理整頓プログラムについてご説明します。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

 

今月のトピックス

Mascot Server 2.6.1
検索結果の出力
Mascotを利用した論文の紹介
今月の小技
 

Mascot Server 2.6.1

Mascot Server 2.6.1をリリースしました。Service Packを使って2.6.0からバージョンアップすることができます。手順書 に従ってアップグレードしてください。

2.6.1にアップグレードすることにより、スペクトルライブラリ検索に関わる不具合(2GB以上のライブラリファイルに対応、アノテーションを利用したスコアの改善、検索結果の出力に対応、検索結果からのライブラリ構築操作の改善など)等が解消されます。詳しくは リリースノート または サポートページ の「Fixes included in this patch」項をご覧ください。

Update

検索結果の出力

Mascot検索結果を出力するユーティリティプログラムは様々な書式でファイル出力することができる他、MGF書式のピークリストファイルも出力することができます。このユーティリティプログラムの実行方法は次の3通りです。

(1) Webブラウザに表示された検索結果ページの[Export]ボタンからインタラクティブに利用することができます。Mascot Server PCのファイル共有設定など必要ありません。
(2) Mascot Daemonからはタスク終了後に自動的にファイル出力させることもできます([Task Editor]タブの「Actions」ブロック[Auto-export,,,]ボタンから設定)。
(3) Mascot Server PC上ではコマンドラインからこのユーティリティプログラムを利用することができます。使い方 をご覧ください。

出力項目の中で、有用ですがわかりにくいものについては ブログ にまとめましたのでご覧ください。.

  • 翻訳後修飾の「Site Analysis」情報を出力したい場合は[Query Level Information]と[Raw peptide match data]をチェックしてください。
  • MS2スペクトルを利用した「reporter」および「multiplex」定量結果を出力したい場合は[Protein quantitation]と[Peptide quantitation]をチェックしてください。
  • スペクトルライブラリの検索結果の出力はMascot Server 2.6.1でサポートしました。Mascot Server 2.6.0をお使いのお客様はサービスパックを使ってアップグレードしてください。
Export form

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。.

 

Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus using phage amplification combined with matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry

Jon C. Rees, John R. Barr

Anal. Bioanal. Chem. (2017) 409: 1379

The US Centers for Disease Control and Prevention recently reported on the threats posed by antibiotic resistant bacteria. They estimated that each year in the USA, 2 million people become infected and at least 23,000 people die from resistant bacteria, at a healthcare cost of $20 billion. They also stated that this is a worldwide problem.

To enable faster detection of these resistant strains, the authors have developed a method where samples with S. aureus are incubated together with bacteriophage. They are then rapidly digested with trypsin and analyzed by MALDI-TOF MS. The method detects tryptic peptides from amplified phage capsid proteins, and has more sensitivity than methods that have tried to detect the intact phage proteins.

Antibiotic resistance is determined by the detection of phage replication in the presence of an antibiotic, when compared to a no-antibiotic control. After treating four S. aureus strains with cefoxitin, significant phage amplification in both the no-antibiotic and the cefoxitin-containing samples was shown on the resistant strains, while the susceptible strains showed no amplification upon cefoxin treatment.

Thumbnail from featured publication

今月の小技

Mascot Server PCのディスクがいっぱいになると、(検索で発生する中間ファイルを書き込むスペースがないために)Mascot検索は失敗します。実際に、お客様からMascot検索が失敗するという連絡を受け調べてみると、Mascot Server PCのCドライブのディスクスペースがゼロだったとうことがよくあります。ディスクスペースを消費する原因は多々ありますが、Mascotに関しては、Mascotの検索数が増えれば検索結果ファイル(*.datファイル)が蓄積されますのでディスクスペースを消費します。このような状況に対応するため、Mascotは圧縮された検索結果ファイルを必要に応じて(その検索結果を閲覧したいときに)解凍して検索結果ページを表示する機能を備えています(解凍する時間が加算されますので表示は少し遅くなります)。

Mascotは検索結果ページをより短時間に表示させるためにcacheファイルを作成し、「data」フォルダの下の「cache」フォルダに保存します。cacheファイルを削除しても、検索結果ページを表示する際に再作成しますので、不要であれば「cache」フォルダごと削除してディスクスペースを解放することができます。

気がついた時に検索結果ファイルの圧縮とcacheファイルの削除の操作を手動で行えばよいと思いますが、このような非生産的な作業はどうも・・・というお客様のために、Mascot Server 2.6ではこれらの操作を自動的に実行するスクリプト(古いcacheファイルの削除と検索結果ファイルの圧縮)を実装しています。デフォルトではこのスクリプトは有効になっていませんので、テキストエディタを使ってMascot Serverの設定ファイル「mascot.dat」を開き、次の行の先頭にある「#」とスペースを取り除き、行の最初の文字が「0」になるようにしてください。なお、行中のファイルパスはお客様のMascotのインストール状況により異なる場合があります。

# 0 0 * * 6 C:\inetpub\mascot\perl64\bin\perl.exe C:/inetpub/mascot/bin/tidy_data.pl --clearcache --compressdat

最初の0のカラムは「分」、2番目は「時」、3番目は「日」、4番目は「月」、5番目は「曜日」を表しており、スクリプトを実行する時間を指定します。アスタリスク「*」は任意を意味しており、上記の例では「土曜日の0時0分」にスクリプトが実行されます。デフォルトでは100日前のファイル群が操作対象となります。この値は「--minage=」の引数で変更することができます。実行内容は「logs」フォルダの「tidy_data.log」ファイルに記録されます。

Mascot Sever 2.4または2.5をお使いのお客様は この書類 の33頁をご覧ください。

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