2018年5月号

来月サンディエゴで開催されるASMSカンファレンスの会場となるコンベンションセンター内で、6/4（月）と6/5（火）の午前7時より「ASMSワークショップ2018（Mascotユーザ朝食ミーティング）」を開催しますのでご参加をお待ちしております。また、ブース#522 で出展していますのでお立ち寄りください。

Mascot 20−20 キャンペーン 中です。お見逃しなく。

ご多分に漏れず、プロテオゲノミクス系のWebサイトもHTTPSの通信モードに移行し始めています。弊社ではMascot Serverのパッチリリースで遅滞なく対応いたしますのでご安心ください。

「今月の論文」では、ヒト組織におけるシトルリン化部位に関するプロテオーム解析例を取り上げました。お客様が取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

ASMSワークショップ（ユーザ朝食ミーティング）2018

第66回米国質量分析学会（ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics）に合わせ、6/4（月）と6/5（火）に「ASMSワークショップ（ユーザ朝食ミーティング）2018 at サンジエゴ」を開催いたします。開催場所はASMSカンファレンス会場となるコンベンションセンター内の会議室です。今回は、Mascotユーザーによる事例紹介の他、弊社製品の効率的かつ効果的な利用方法や新規サポート機能などをご紹介いたします。弊社のプログラム開発技術者も参加いたしますので、直接の情報交換の場としてもお役立ていただければ幸いです。

６月４日（月） 7:00 am - 8:00 am

Expanding the landscape of human phosphorylation presented by Claire Eyers, Centre for Proteome Research, U. Liverpool

Mascot Distiller gets up to speed presented by Matrix Science

６月５日（火） 7:00 am - 8:00 am

Identification of Iodine-containing Alkylation Reagent related Artifacts and Polymer Contaminations in Proteomics Samples presented by Dominic Winter, Institute for Biochemistry and Molecular Biology, U. Bonn

Using spectral libraries to pick a peck of pickled peptides presented by Matrix Science

参加ご希望の方は こちら からご登録ください（参加費は無料です）。開催日が近づきましたら改めてご案内メールを差し上げます。朝食がてらお立ち寄りくださいませ。

HTTPS問題に対応しました

より高い通信セキュリティを確保するために、通信モードをHTTPから（暗号化された通信方式の）HTTPSへと変更するWebサイトが増えてます。この傾向は配列DBなどの情報リソースを提供するプロテオゲノミクス関連サイトでも同様です。

NCBIは2016年後半からWeb上の情報リソースに対するアクセスをHTTPSに制限しています。EBIは2017年10月にHTTPSを採用し、UniProtは2018年6月にHTTPSに全面的に移行する予定です。

HTTPSに切り替えたWebサイトでは、HTTPリンクに対するアクセスをHTTPSリンクに自動転送するしくみが動作していますので、今まで使用していたHTTPリンクは引き続きそのまま利用することができます。しかしながら、次のような場合はHTTPSリンクにアクセスすることができずに問題が起こります。たとえば、Mascotの「Protein View」ページに表示されるタンパク質のアノテーション情報は、Mascotが持っているスクリプトを使って外部URLから取得していますが、Mascot 2.6よりも前のバージョンでは80番ポートを使ってこの処理を実行していますので、情報リソースへのアクセスがHTTPSに限定された場合はアノテーション情報を取得することができず、「Protein View」ページに表示されなくなります。現在のところ、この問題はNCBIの配列DBで起こりますが、将来EBIおよびUniProtがHTTPSに完全移行した場合は同様な問題が起こります。

MascotのDB管理プログラムである「Database Manager」はFTPプロトコルを使ってNCBI、EBI、NISTのDBファイルをダウンロードして自動更新していますが、将来このダウンロードサイトへのアクセスがHTTPSに限定された場合は自動更新ができなくなります。

これらのHTTPS問題に対応したMascot Server 2.6.2を リリース しました。また、HTTPS問題とその回避策を ブログ にまとめましたのをご覧ください。なお、HTTPSへの移行を加速させるきっかけとなったと思われるGoogleの ブログ もリンクしておきます。

今月の論文

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。p>

Mining the human tissue proteome for protein citrullination

Chien-Yun Lee, Dongxue Wang, Mathias Wilhelm, Daniel Paul Zolg, Tobias Schmidt, Karsten Schnatbaum, Ulf Reimer, Fredrik Ponten, Mathias Uhlen, Hannes Hahne and Bernhard Kuster

Molecular & Cellular Proteomics, Published online April 2, 2018

Citrullination is the conversion of arginine to citrulline by peptidylarginine deiminases leading to the mass increment of 0.9840 Da. This mass is identical to the common deamidation of Asn/Gln residues, leading to ambiguity in database searching of data from complex digests.

Citrullination has been implicated in many cellular processes such as terminal epidermal differentiation, apoptosis, central nervous system (CNS) stability, immune response, gene regulation, and embryonic development.

To address the sparsity of information on specific citrullination sites, the authors mined deep proteomes of 30 human tissues for endogenous protein citrullination. To analyze the ~70 million MS/MS spectra, generated by 1,116 LC-MS/MS runs, they used the neutral loss of isocyanic acid, the immonium ion of citrulline, manual spectrum interpretation, as well as reference spectra of synthetic peptides. This resulted in the identification of 375 citrullinated sites on 209 human proteins across 26 human tissues.

Mascot Server 2.6.2

Mascot Server 2.6.2をリリースしました。「Database Manager」がHTTPSに対応した他、「Protein View」表示の際に時々発生するcacheファイルエラーなどの不具合を修正しました。

Mascot Server 2.6のライセンスをお持ちのお客様は無償でバージョンアップすることできます。Administrator権限のユーザアカウントで「Mascot Server Technical support」ページからインストーラをダウンロードして実行してください。インストーラは累積パッチになっていますのでMascot Server 2.6.x（x=0または1）が2.6.2へバージョンアップされます。

ただいま「Mascot 20−20 キャンペーン」中です。Mascot Server 2.6以前のバージョンをお持ちのお客様はこの機会にバージョンアップをご検討いただければ幸いです。

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