2018年6月号

今月初めに米国サンジエゴで開催した「ASMSワークショップ2018（Mascotユーザ朝食ミーティング）」で弊社が作成・使用した プレゼンテーション資料 をアップしましたのでご覧ください。ワークショップにご参加いただきましたお客様、また展示会ブースにお立ち寄りいただきまいたお客様には改めてお礼申し上げます。次回ASMSはアトランタ ・・・ちょっと遠いですが・・・6月2日〜6日です。

Mascot Database Managerと簡単なスクリプトを利用してゲノムDBを自動更新する方法をご説明します。

「今月の論文」では、Parallel Reaction Monitoring（PRM）を利用してタンパク質のリン酸化率を定量化する方法に関する研究例を取り上げました。お客様が取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。

「今月の小技」では、Mascot Daemonのタスクが「思考停止」状態に陥ったときの対処方法についてご説明いたします。

Mascot 20−20 キャンペーン 中です。お見逃しなく。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

ゲノムデータベースの更新

Mascot検索に使われるデータベースはMascot Database Managerプログラムで管理されていますので、データベースファイルの所在（URL）が指定されていれば、データベースは[Get new files]ボタンを押すことにより更新されますし、更新スケジュールが設定されていればそれに従って自動的に更新されます。しかしながら、ゲノムのデータベースのように配列が長い場合は、コンピュータが余裕を持って取り扱える現実的な長さに分割（例えば10万塩基＋分割面近傍が互いに重複する「のりしろ」で構成）するのが効率的ですので、これらの処理を含めて自動更新を実現するためには若干の工夫が必要になります。

たとえば、次の処理を行うスクリプトを作成すると、更新操作はそのスクリプトを実行するだけですので、簡単です。

　データベースファイルのダウンロード
　　     　↓
　データベースファイルののりしろ付分割
　　　     ↓
　[current]フォルダへの移動またはコピー

詳しくは ブログ をご覧ください。European Nucleotide Archive（ENA）に登録されている「Helicobacter pylori HPAG1」ゲノムを例にして、ダウンロード・分割・更新のスクリプト例とその使い方をご説明しています。お試しください。

なお、このスクリプトは汎用性がありますので、たとえばリレーショナルデータベースに格納された配列からFastaファイルを作成するような処理のテンプレートとしても利用できると思います。

今月の論文

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Determination of Site-Specific Phosphorylation Ratios in Proteins with Targeted Mass Spectrometry

Lennard J. M. Dekker, Lona Zeneyedpour, Sandor Snoeijers, Jos Joore, Sieger Leenstra, and Theo M. Luider

J. Proteome Res. 2018, 17, 1654-1663

The authors developed a method to absolutely quantify phosphopeptides and to determine their percentage of phosphorylation using parallel reaction monitoring (PRM) in combination with stable-isotope-labeled (SIL) peptides.

First a phosphoproteome profile is created by performing a data-dependent LC-MS measurement on enzymatic digested glioblastoma multiforme cell lysates that are enriched by TiO₂. Second, a number of phosphopeptides were selected from this data set and used for a PRM approach with SIL peptides. In this PRM approach phosphorylated peptides as well as the nonphosphorylated counterparts including their SIL standards are targeted.

This resulted in the identification of 7774 unique phosphopeptides and 1980 pairs where the non-phosphorylated peptide partners were also observed. From this list, six peptide pairs were chosen based on their relevance to pathways that are known to be affected in glioma. This validation study showed that a reproducible quantity of phosphorylation could be determined with CV's of 6-13%.

今月の小技

Mascot Daemonにとって想定外の何かが発生してエラー処理ができないとき、[Status]タブのタスクアイコンは砂時計になり、それがいつまでも消えずに「思考停止」状態になることがごく希にあります。このような時は次のトラブルシューティングをお試しください。

1. Mascotの稼働状況の確認：「http://PCのホスト名/mascot/ms-status.exe」にアクセスしてください。Mascotが正常に動作している場合は「MASCOT search status page」ページが開きますので、思考停止タスクで使用したデータベースが「In use」なっているかどうかを確認してください。また、各データベースブロックの「searches=」の値をチェックし、現在実行されているMascot検索を確認してください。
2. 思考停止検索の確認：Mascot検索が実行されている「Name=[データベース名]」リンクをクリックし、[Job]番号や検索タイトルなどをチェックして思考停止タスクに対応する検索ジョブを確認してください。もし問題としているMascot Daemoから投入された思考停止タスク以外のMascot検索が走っている場合はそれが終了するまで待機し、様子をみてください。
3. Mascot Daemonの再起動：Mascot DaemonはデスクトップUIプログラム「Mascot Daemon」とエンジンと呼んでいる本体プログラム「Mascot Daemon Engine」の2つから構成されています。まずMascot Daemonを終了し、次に「Mascot Daemon Engine」を停止してください（Windowsのタスクトレイにある歯車アイコンを右クリックして[Exit]を選択）。Mascot Daemon 2.4以前のバージョンでは「Mascot Daemon Service」を停止してください（Windowsの[コントロールパネル]→[管理ツール]→[サービス]→[Mascot Daemon Service]を選択して右クリック→[停止]を選択）。Windowsのタスクマネージャを起動し、[プロセス]タブで「MascotDaemon.exe」と「MascotDaemonEngine.exe」のプロセスが走っていないことを確認した後、Mascot Daemonを起動してください。
4. 思考停止タスクの削除方法：Mascot Daemonを再起動しても思考停止状態だったタスクが依然として思考停止状態になっている場合は思考停止タスクを削除してください。タスクを削除するには、Mascot Daemonが利用しているデータベースエンジンである「VistaDB」のデータベースを編集する必要があります。Mascot Daemonヘルプページの[Getting Started]→[Database Engines]→[VistaDB]の「Editing the task database」項または「Mascot日本語マニュアル」ページの「Mascot Daemonマニュアル」の「5.2 タスク・データベース　(1) VistaDB」項をご覧ください。
5. 思考停止タスクの削除：思考停止タスクの番号を確認し、Mascot DaemonとMascot Daemon Engineを停止してください。「DBASampleTool.exe」を起動し、次のSQLコマンドを実行してください。
    
   DELETE FROM Mascot_Daemon_Tasks WHERE task_UID=思考停止タスクの番号;

なお、VistaDB以外のデータベースエンジンの場合はMascot Daemonヘルプページの[Getting Started]→[Database Engines]ページの対応するデータベースエンジンの項をご覧ください。

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