2020年9月号

「今月のブログ」では、MASCOT Serverで新たに実装された、variable modificationに関する３つのパラメータについてご説明しています。修飾に関する検索空間を広げて網羅的に探したり、逆に狭めて検索速度を上げる事ができます。

「今月の論文」では、N-グリコシル化によってもたらされるタンパク質の結合性の変化について研究された論文を取り上げました。

「今月の小技」では、MASCOT保守サービスに関するご案内をしています。

Mascotニューズレターの バックナンバーはこのページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

新設された variable modificationのパラメータ

ver.2.7より、variable modificationに関する3つのパラメータが新設されました。新たなパラメータによって、解析対象のペプチドにおいて以下の3点を考慮する事ができます。

• Variable modification（種類）数の最大値
• Variable modificationを検討するアミノ酸残基数の最大値
• Variable modification の総組み合わせ数(最大値)　

Mascot ver.2.6以前と同様の結果を提供するためにデフォルト値が設定されていますが、ユーザーの目的に合わせて調整することができます。

2020年7月のブログ記事（英語、日本語訳）では、これらのパラメータの効果を示す、実例を使った２つの説明を行っています。

1つ目のケースでは、20,000個のMS/MSスペクトルを持つマウスラベルフリーデータセットに対して、Error Tolerant Search（修飾やアミノ酸置換の可能性を網羅的に検討する再検索）を行っています。この例のように考慮すべき修飾設定が少ない場合に、検索空間を狭める事で検索速度がどれほど向上するか検証しました。その結果、今回の例ではMascot ver. 2.6と比較して検索時間を35%短縮することができました。勿論、検索結果もほとんど差がない事を確認しています。

2つ目のケースでは、ミドルダウンプロテオミクスとして、ヒトのヒストンH4データセットを使用し、N末端23残基の細胞周期にわたる修飾パターンの変化を調べています。パラメータを調整することで、より多くのプロテオフォーム（ここでは修飾パターンの意）を同定できるだけでなく、網羅的な検索が保証される事で検索結果の確度が上がるようになりました。

シャペロンの異常なN-グリコシル化がタンパク質の連結性を低下させる

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Molecular Stressors Engender Protein Connectivity Dysfunction through Aberrant N-Glycosylation of a Chaperone

Pengrong Yan, Hardik J. Patel, Sahil Sharma, Adriana Corben, Tai Wang, Palak Panchal, Chenghua Yang, Weilin Sun, Thais L. Araujo, Anna Rodina, Suhasini Joshi, Kenneth Robzyk, Srinivasa Gandu, Julie R. White, Elisa de Stanchina, Shanu Modi, Yelena Y. Janjigian, Elizabeth G. Hill, Bei Liu, Hediye Erdjument-Bromage, Thomas A. Neubert, Nanette L.S. Que, Zihai Li, Daniel T. Gewirth, Tony Taldone, and Gabriela Chiosis

Cell Reports 31(13), 107840, (June 30, 2020)

この研究論文では、様々な実験手法を用いてシャペロンタンパク質GRP94のストレス誘発性N-グリコシル化が引き起こす構造的および機能的変化を調べています。

用いられた実験手法は多岐に渡ります。非変性およびSDS-PAGE、siRNAノックダウン、酵素的脱グリコシル化、CRISPR/Cas9を使用した変異体作成およびノックアウト、フローサイトメトリーによる細胞生存率、PK/PD/毒性試験、およびLC-MS/MSを用いたN-グリコシル化部位の同定など。これらの実験結果から、N-グリコシル化がシャペロンであるGRP94をフォールディングタンパク質から足場タンパク質へと導く事を実証しました。

この特異的なN-グリコシル化の増加は、細胞膜での腫瘍性タンパク質(oncogeneから発現されたタンパク質)との安定した相互作用が可能な立体構造の状態を維持するように促します。著者らはまた、低分子プリン化合物を用いてこの異常な形態の形成を選択的に抑制できることを示し、今後治療に応用できる可能性を示しました。

MASCOT保守サービスとアップグレード作業

今年は例年と比べ、年度前半に様々な対応に追われる事が多かったかと思います。ソフトウェアの保守について弊社よりご案内などをさせて頂いておりますが、もし例年実施済みの手続きがまだお済でないお客様がいらっしゃいましたら弊社までご連絡いただければ幸いです。

また保守にご加入のお客様は、弊社技術担当が訪問してアップグレード作業を行う事も可能です。既に多くのお客様でアップグレードを行って頂きましたが、まだのお客様で作業をご希望の方はご遠慮なく弊社までご連絡ください。

現在ご利用のバージョンを確認されたい場合は、Database Status ページの上部をご覧ください。右図例では ver.2.6.2 となります。

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