signboard of Scaffold-DIA

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DIA プロテオーム解析において、RAW データ読み込みから定性・定量解析、統計解析とその結果表示までの一連作業がワンパッケージで行えるソフトウェアです。


主な機能

  • 3種類の検索対象に対応
    • FASTA (配列データベース)
    • DDA データ検索結果から作成されたライブラリ
    • DIA 検索結果から作成されたライブラリ
  • Prosit プログラムとの強い連携。ライブラリ作成に使用する input データ作成機能&作成ライブラリを使った検索が可能。
  • encyclopeDIA を使ったペプチド同定と定量計算
  • データ取り込み時に独自の同定結果検証アルゴリズムを適用
  • 定量値はフラグメントピークの intensity から計算
  • 定量解析の基本であるデータの構造定義を行う Experimental Design 画面
  • PCA を含む各種統計解析が可能
  • Gene Ontology 情報の表示
  • XLS フォーマットで結果内容を出力
  • 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に

タンパク質ベースの結果まとめ・サンプル間の比較表作成




定量値はフラグメントピークのintensityから計算




様々な統計解析・グラフ表示が可能




Gene Ontology(GO)情報




サポートする入力データ

  • Thremo RAW
  • SCIEX WIFF
  • その他 ProteoWizard の MSConvert プログラムで読み込み可能な各社のデータ

3種の検索方法に対応、Prosit プログラムとの強い連携

  • FASTA(タンパク質配列データベース)[fasta]
  • DDAスペクトルライブラリ[blib,dlib]
  • DIA解析結果から作成されたライブラリ[elib]

FASTA配列から仮想的なスペクトラルライブラリを作成するプログラム“Prosit”にて作成されたライブラリを使用可能。さらに、Prosit でライブラリを作成する際に利用する入力データを作成する機能を搭載しています。

インストールするコンピュータの推奨スペック

  • OS:Windows 10
  • メモリ:32GB以上
  • ディスク:SSD(HDDとあわせて1TB以上)
*同じコンピュータに ProteoWizard msconvert.exe をインストールする必要があります。