バックナンバー

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2022年

ASMS Minneapolis Peter Piper Mascot tip of the month
    2022年5月号
  • ・ASMS Mascot ユーザーミーティング at ミネアポリス
  • ・MASCOT Distillerにおけるピーク抽出の設定オプション
  • ・アンドロゲン受容体の二量体形成と活性化を促進するアロステリック相互作用
  • ・Uniprotに登録されている糖のエントリー
NCBI logo Toward Zero Variance in Proteomics Sample Preparation: Positive-Pressure FASP in 96-Well Format (PF96) Enables Highly Reproducible, Time- and Cost-Efficient Analysis of Sample Cohorts Mascot tip of the month
    2022年4月号
  • ・ASMS Mascot ユーザーミーティング at ミネアポリス
  • ・NCBI nrデータベースを利用するために
  • ・PF96(Positive-Presure FASP in96 well format)というサンプル調整の手法
  • ・MASCOT Server ver.2.8.1
Linux Identifying glycation hot-spots in bovine milk proteins during production and storage of skim milk powder Mascot tip of the month
    2022年3月号
  • ・Linuxクラスターシステムを安全に運用するための方法
  • ・牛乳タンパク質の糖化についての研究
  • ・ESTデータベースについて
Farewell FTP A dynamic and combinatorial histone code drives malaria parasite asexual and sexual development Mascot tip of the month
    2022年2月号
  • ・FTPプロトコルの廃止と新たなダウンロード方法
  • ・ダイナミックで多様な組み合わせのヒストンコードがマラリア原虫の無性/有性の発達を促進する
  • ・Mascot Distillerのアップデート
CPU Next-Generation Serology by Mass Spectrometry: Readout of the SARS-CoV-2 Antibody Repertoire Mascot tip of the month
    2022年1月号
  • ・MASCOT Distillerを使用するハードウェアの選択
  • ・質量分析による次世代の血清学: SARS-CoV-2抗体レパートリーの読み出し
  • ・Protein Family Summaryのデフォルト表示

2021年

Bottleneck CoolTip: Low-Temperature Solid-Phase Extraction Microcolumn for Capturing Hydrophilic Peptides and Phosphopeptides Mascot tip of the month
    2021年12月号
  • ・より多くの内在性ペプチドを同定する
  • ・CoolTip:親水性ペプチドやリン酸化ペプチドを捕捉する低温固相抽出マイクロカラム
  • ・Daemon taskデータベースの整理とバックアップ
ASMS 2021 Decellularized Extracellular Matrix Composite Hydrogel Bioinks for the Development of 3D Bioprinted Head and Neck in Vitro Tumor Models
    2021年11月号
  • ・ASMS 2021 プレゼンテーション動画
  • ・3Dバイオプリンティングのバイオインク
Bottleneck Antibody toolkit reveals N-terminally ubiquitinated substrates of UBE2W Mascot tip of the month
    2021年10月号
  • ・ディスクアクセス速度の上昇
  • ・N末端のユビキチン化を検出する新しい抗体セット
  • ・新しい修飾設定をunimodに登録する
Modification counts Too Hot to Handle: Antibacterial Peptides Identified in Ghost Pepper Mascot tip of the month
    2021年9月号
  • ・エラートレラント検索の信頼性向上
  • ・ゴーストペッパーに含まれる抗菌性ペプチド
  • ・イオンモビリティ値のエクスポート
IM filter cleans up precursor Proteomics of Primary Uveal Melanoma: Insights into Metastasis and Protein Biomarkers Mascot tip of the month
    2021年8月号
  • ・イオンモビリティフィルタリング
  • ・原発性ぶどう膜メラノーマのプロテオミクス
  • ・Mascot Server 2.8 リリース
speeding along Mapping Proximity Associations of Core Spindle Assembly Checkpoint Proteins Mascot tip of the month
    2021年7月号
  • ・LFQとMascot Distiller 2.8
  • ・近接結合をマッピング
  • ・PercolatorとRetention time
Say cheese Quantitative consequences of protein carriers in immunopeptidomics and tyrosine phosphorylation MS2 analyses Mascot tip of the month
    2021年6月号
  • ・カシミアの判定に応用されたプロテオミクスの手法
  • ・キャリアプロテオームの詳細
  • ・MASCOT Server 2.8
Metaproteomics with Mascot and Unipept Evaluation and refinement of sample preparation methods for extracellular matrix proteome coverage Mascot tip of the month
    2021年5月号
  • ・Metaproteomicsに有用な、MascotとUnipeptの組み合わせ
  • ・細胞外マトリックスプロテオーム
  • ・MASCOT Distiller 2.8
NIST Human Spectral Library Update A Chemical Acetylation based Mass Spectrometry Platform for Histone Methylation Profiling Mascot tip of the month
    2021年4月号
  • ・NIST Human HCDスペクトルライブラリ
  • ・ヒストンメチル化プロファイリング
  • ・Enzymeの扱いに関して
How large a Mascot Server license do I need? Proteome Variation with Collagen Yield in Ancient Bone Mascot tip of the month
    2021年3月号
  • ・Mascot Serverのライセンス数：いくつ必要か？
  • ・古代の骨におけるコラーゲン量とプロテオームの変化
  • ・NCBI nrデータベースの扱いに関して
Securing Mascot with Single Sign-On (SSO) Zirconium(IV)-IMAC Revisited: Improved Performance and Phosphoproteome Coverage by Magnetic Microparticles forPhosphopeptide Affinity Enrichment Mascot tip of the month
    2021年2月号
  • ・シングルサインオンとMascotのセキュリティレベル向上
  • ・ジルコニウム(IV)-IMAC
  • ・variable modificationのパラメータ
De novo competition results PepS: An Innovative Microfluidic Device for Bedside Whole Blood Processing before Plasma Proteomics Analyses Mascot tip of the month
    2021年1月号
  • ・De novo sequencing 大会の結果
  • ・PepS: 血漿プロテオミクス分析前の革新的なマイクロ流体デバイス
  • ・Unimodにおけるクロスリンクの修飾定義

2020年

The minutiae of database management Gas-Phase Fragmentation of ADP-Ribosylated Peptides: Arginine-Specific Side-Chain Losses and Their Implication in Database Searches Mascot tip of the month
    2020年12月号
  • ・De novo sequencing 大会
  • ・データベース管理の小技集
  • ・ADP-リボシル化ペプチドの気相フラグメンテーション
  • ・データベース検索の実用的なヒントが満載なレビュー論文
Is your crosslinked peptide ID correct? Isolation of acetylated and unmodified protein N-terminal peptides by strong cation exchange chromatographic separation of TrypN-digested peptides Mascot tip of the month
    2020年11月号
  • ・あなたのクロスリンクペプチドの検索結果は正しいですか？
  • ・タンパク質N末端ペプチドの濃縮
  • ・クライアントのエラーメッセージとその確認方法
Creating Charts and Plots from the Quantitation Summary Depolarization-dependent induction of site-specific changes in sialylation on N-linked glycoproteins in rat nerve terminals Mascot tip of the month
    2020年10月号
  • ・Daemonの新機能 Quantitation Summary :統計解析実施、グラフの作成例
  • ・シアル化の部位特異的変化とラット神経末端のN-結合型糖タンパク質
  • ・Mascot Server Database Managerにおける2種類のデータベース登録方法
Variable modifications - searching with depth or speed Molecular Stressors Engender Protein Connectivity Dysfunction through Aberrant N-Glycosylation of a Chaperone Mascot tip of the month
    2020年9月号
  • ・新設された variable modificationのパラメータ
  • ・異常なN-グリコシル化とシャペロンの連結性低下
  • ・MASCOT保守サービスとアップグレード作業
Summarizing quantitation data across multiple analyses Combination of FAIMS, Protein A Depletion, and Native Digest Conditions Enables Deep Proteomic Profiling of Host Cell Proteins in Monoclonal Antibodies Mascot tip of the month
    2020年8月号
  • ・Daemonの新機能Quantitation Summaryで、発現解析データの集計をより簡単にする
  • ・モノクローナル抗体の宿主細胞タンパク質のプロテオミクスプロファイリング最適化
  • ・MASCOT ver.2.7 アップグレード時に発生するエラーと、その対処方法
Human Proteome Project data interpretation guidelines update Maleimide-Based Chemical Proteomics for Quantitative Analysis of Cysteine Reactivity Mascot tip of the month
    2020年7月号
  • ・Human Proteome Project 質量分析データ等の提出ガイドライン
  • ・N-プロパギルマレイミドとクリック反応を利用した反応性システインの定量
  • ・クロスリンク検索
Matrix Science ASMS Reboot Presentations Mascot tip of the month
    2020年6月号
  • ・ASMS Reboot バーチャルプレゼンテーション
  • ・タンパク質定量比に対するp値の計算方法
Remote working with Mascot Shotgun proteomics of SARS-CoV-2 infected cells and its application to the optimisation of whole viral particle antigen production for vaccines Mascot tip of the month
    2020年5月号
  • ・リモートな研究業務環境でMascotを利用する
  • ・SARS-CoV-2に感染した細胞のショットガンプロテオミクス
  • ・ヘルプ項目の検索方法
Protein FDR in Mascot Server 2.7 Tryp-N: A Thermostable Protease for the Production of N-terminal Argininyl and Lysinyl Peptides Mascot tip of the month
    2020年4月号
  • ・protein FDR
  • ・Tryp-Nの開発ストーリー
  • ・公開Mascotの登録DB変更
Disaster, backups and recovery In-Line Sample Processing System with an Immobilized Trypsin-Packed Fused-Silica Capillary Tube for the Proteomic Analysis of a Small Number of Mammalian Cell Mascot tip of the month
    2020年3月号
  • ・Mascotのバックアップとリカバリー
  • ・シングルセルプロテオミクス向けインラインサンプル処理システム
  • ・スペクトルライブラリ作成におけるY2K問題の再来
Is your database search reproducible? Middle-Down Proteomic Analyses with Ion Mobility Separations of Endogenous Isomeric Proteoforms Mascot tip of the month
    2020年2月号
  • ・Mascot検索の再現性
  • ・LC/FAIMS/MS/MS/Mascotを使ったヒストンテール解析
  • ・SLに含まれる修飾名のUnimodへのマッピング
Coming attractions: Mascot Server 2.7 Optimal Collision Energies and Bioinformatics Tools for Efficient Bottom-up Sequence Validation of Monoclonal Antibodies Mascot tip of the month
    2020年1月号
  • ・Mascot Server 2.7 まもなくリリース
  • ・配列カバー率に及ぼす衝突エネルギーシフトの効果
  • ・Uniprot Proteome

2019年

Common myths about protein scores Site-Specific Quantification of Persulfidome by Combining an Isotope-Coded Affinity Tag with Strong Cation-Exchange-Based Fractionation Mascot tip of the month
    2019年12月号
  • ・プロテインスコアの誤解
  • ・パースルフィド(-SSH)修飾部位の特定と定量
  • ・Accessの不具合と対処方法
Diethylation, dimethylation and the deuterium effect An Ionic Liquid-Based Sample Preparation Method for Next-Stage Aggregate Proteomic Analysis Mascot tip of the month
    2019年11月号
  • ・DE(ジエチル)標識 vs DM(ジメチル)標識
  • ・イオン液体を利用したタンパク質凝集体の高感度解析
  • ・2020年1月14日
Leverage shared peptides for complex samples Stress-induced Changes in the S-palmitoylation and S-nitrosylation of Synaptic Proteins Mascot tip of the month
    2019年10月号
  • ・共通ペプチドを利用したタンパク質のクラスター処理
  • ・シナプスタンパク質の翻訳後修飾クロストークとストレス障害
  • ・Fixedな修飾のVariableな修飾による置換
Benchmarking protein inference The unique photosynthetic apparatus of Pinaceae: analysis of photosynthetic complexes in Picea abies Mascot tip of the month
    2019年9月号
  • ・タンパク質推定ベンチマーク
  • ・マツの光化学装置
  • ・検索の優先順位設定
Unravelling Mascot's Statistics Intact Transition Epitope Mapping - Targeted High-Energy Rupture of Extracted Epitopes (ITEM-THREE) Mascot tip of the month
    2019年8月号
  • ・Mascotの統計処理
  • ・エピトープマッピング
  • ・Windows版とLinux版の違い
Mascot Server workflows in Proteome Discoverer Intact Transition Epitope Mapping - Targeted High-Energy Rupture of Extracted Epitopes (ITEM-THREE) Mascot tip of the month
    2019年7月号
  • ・Proteome Discoverer（PD）の「Mascot Node」を利用する際の注意点
  • ・ピーク強度を利用したiTRAQ定量計算法
  • ・ニュートラルロスの取り扱い
Metaproteomics with Mascot Server Middle-Down searching Mascot tip of the month
    2019年6月号
  • ・微生物メタプロテオミクス
  • ・Middle-Down検索
  • ・定量関連修飾設定
Mascot Daemon - the key to automation In-depth Analysis of C Terminome Based on LysC Digestion and Site-selective Dimethylation Mascot tip of the month
    2019年5月号
  • ・ASMS Mascot ユーザーミーティング at アトランタ
  • ・検索作業の自動化（Mascot Daemonを使いましょう）
  • ・タンパク質のC末端ペプチドの抽出と同定
  • ・Mascot Distillerの定量計算時間の短縮設定
Using the X!Hunter MGF spectral library Identification of Poly(ethylene glycol) and Poly(ethylene glycol)-Based Detergents Using Peptide Search Engines Mascot tip of the month
    2019年4月号
  • ・ASMS Mascot ユーザーミーティング at アトランタ
  • ・X! Hunter MGF SL（スペクトルライブラリ）のセットアップ
  • ・PEGコンタミの同定
  • ・Mascotライセンス統合のメリット
O-glycosylated peptides: neutral loss to the rescue Proteomic Sample Preparation through Extraction by Unspecific Adsorption on Silica Beads for ArgC-like Digestion Mascot tip of the month
    2019年3月号
  • ・Proteomic Forum 2019
  • ・ニュートラルロスを利用したO-結合型グリコシル化ペプチドの同定手順
  • ・Lean adsorption-based protocol（ABP）
  • ・ステップ記録ツール
Use spectral libraries today Combining LOPIT with differential ultracentrifugation for high-resolution spatial proteomics Mascot tip of the month
    2019年2月号
  • ・今日から使えるSL（スペクトルライブラリ）検索
  • ・LOPIT-DC
  • ・消化酵素の編集
One Dalton, many possibilities Identification of Unexpected Protein Modifications by Mass Spectrometry-Based Proteomics Mascot tip of the month
    2019年1月号
  • ・1Da修飾を見分ける
  • ・未同定修飾の同定
  • ・Report Builder

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